送料が未設定のまま合計金額が計算されている原因ですが

年末年始のセールの後で価格を元に戻す際、CSV形式の更新データを使用しますが宅急便サイズの欄が空白(未設定)にしたまま更新したため、システム上で送料が誤表示した状態になっていました。

現在は正常に戻っています。